中世紀到十六世紀末，歐洲的自然哲學家若非神職人員，就是在教會主導的大學工作。至十七世紀，科學研究的主力轉移到新成立的各種研究院和學會。英國哲學家培根曾批評說：大學是知識疾病的孕育場所。十六到十八世紀，歐洲大學沒有成為科學知識發展的園地，應歸咎於：
固守神學論辯和經院哲學的研究傳統
缺乏科學實驗所需的研究經費和人力
受宗教改革影響陷入新舊教派衝突中
與新興專制政府聯手打壓新科學研究
