具有毒性的有機危害性物質大部分可在燃燒過程中分解或減量，但也有在燃燒過程中產生新的有害物質，其中最引人注意的就是毒性高，具致癌作用，在環境中可持久不易分解的焚化後新生物是：
多氯聯苯（polychlorinated biphenyls）
多氯戴奧辛（polychlorinated dioxins）
滴滴涕（dichlorodiphenyl-trichloroethane, DDT）
氯仿（chloroform）
